Nama  : Dini Rochmawati

NIM    : B1J006141

Kelas  : A2

e-mail : Dhienny_cute@yahoo.com

Blog    : Dh13nny.wordpress.com

kode   : A2-AG9

Urutan genom prokariot sangat rapat oleh gen-gen. Prokariot memiliki sedikit intron, semakin sedikit intron maka semakin rapat gen-gennya. Intron merupakan daerah pemisah antara gen yang satu dengan yang lain. Jika jarak antara satu gen dengan gen yang lainnya berdekatan maka dimungkinkan replikasi genomnya semakin cepat. Masing-masing gen prokariot terbentuk dari interaksi protein-protein di dalam sel. Setiap protein tersusun dari sejumlah asam amino dengan urutan tertentu, dan setiap asam amino pembentukannya disandi oleh urutan basa nitrogen di dalam molekul DNA. Molekul-molekul protein yang bergabung dari beberapa subunit dinamakan polipeptida. Gen E. coli terdapat thrA dan thrB yang merupakan produk dari polipeptida α dan polipeptida β. Suatu ciri genom prokariot yaitu adanya operon. Operon berperan dalam mekanisme molekuler induksi dan represi. Ada sekitar 600 operon di dalam gen E. coli. Kromosom prokariot berbentuk lingkaran dan semua gen tersusun disepanjang lingkaran tersebut. Posisi di dalam kromosom yang ditempati oleh suatu gen disebut lokus. Prokariot juga mempunyai gen tambahan yang disebut plasmid. Plasmid berfungsi sebagai antibiotik ketika ada kuman yang menyerang tubuh.

Gambar perbandingan urutan genom pada manusia, Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster, maizena dan Escherichia coli.

DAFTAR PUSTAKA

Brown, T. A. 2002. Genomes, Second editions. Jhon Wiley and Sons Inc, New York.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5790

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5475

Situs terkait

http://www.pbs.org/wgbh/nova/genome/media/sequence.swf

http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/animations/cloning/cloning.swf

diakses tanggal 26 september 2008

http://highered.mcgraw-hill.com/olc/dl/120077/bio25.swf diakses tanggal 25 September 2008

Perbandingan Dua Media Chromogenic dan Evaluasi Dua Sistem Identifikasi pada Pendeteksi Enterobacter sakazakii

   Mengenal bakteri Enterobacter  sakazakii   

E. sakazakii adalah satu jenis bakteria yang pada tahun 1980 dipisahkan dari spesies Enterobacter cloacae, berdasarkan unsur genetik penyusunnya. Sebelumnya E. sakazakii dikenal dengan yellow-pigmen cloacae. E. Sakazakii adalah bakteri gram negatif, berbentuk batang, termasuk dalam famili Enterobacteriaciae. Hidup pada pH antara 5-9 dan pada temperatur 5,5-47⁰C. E Sakazaki memiliki banyak strain. Tidak semua strain dari E. Sakazakii ini bersifat Patogenik. Namun ada Strain dari bakteri ini menghasilkan enterotoksin yang melalui plasmid dapat dipindahkan ke enterobakter lainnya, yang merupakan flora normal saluran pencernaan manusia seperti E. coli dan coliform lainnya, sehingga Enterobacter tersebut akan menghasilkan toksin yang sama. Hal ini yang menyebabkan E. Sakazakii digolongkan bakteri yang virulen (ganas).

  Bakteri  Enterobacter  sakazakii berbahaya

E. sakazakii menjadi perhatian karena tingkat mortalitas yang tinggi (40-80%) pada bayi yang baru lahir (0-6 bulan). E. sakazakii merupakan bakteri yang berkoloni di dalam saluran pencernaan manusia dewasa. Enterobacter ini selain pada susu formula dapat ditemukan di produk pangan lain keju, daging, sayuran, biji-bijian, kondimen dan bumbu-bumbuan. Selain bersifat invasif, E. sakazakii juga memproduksi toksin (endotoxin) yang juga berbahaya bagi mamalia yang baru lahir yang belum memiliki sistem kekebalan yang baik. Gejala klinis apabila terinfeksi bakteri ini adalah tidak nafsu makan, suhu tubuh tidak stabil. Infeksi dalam jumlah tinggi dapat mengakibatkan neonatal meningitis (infeksi selaput otak pada bayi), hidrosefalus (kepala besar karena cairan otak berlebihan), sepsis (infeksi berat), dan necrotizing enterocolitis (kerusakan berat saluran cerna). Sedangkan pada beberapa kasus dilaporkan terjadi infeksi saluran kencing.

  Metode pendeteksian bakteri Enterobacter  sakazakii

Penemuan terbaru berbasis molekuler glukosidase aktivitas pada E. sakazakii menggunakan sistem PCR, berdasar pada 1,6 glukosida digunakan untuk identifikasi E. Sakazakii, telah dievalusi pada DNA target dan tegangan tidak target. VIT (Vermicon Teknologi Identifikasi) menghadirkan suatu sistem identifikasi pendeteksi ribosomal RNA bakteri E. Sakazakii yang dilihat pada epifluorescence mikroskop. Tegangan target mudah untuk mengidentifikasi warna merah yang spesifik di bawah epifluorescence mikroskop. PCR dan VIT pengujian kadar logam konvensional dari suatu pemeriksaan identifikasi presumptive E. Sakazakii telah dievaluasi pada 98 target dan tegangan tidak target. 75 presumptive E. sakazakii dan 23 tegangan tidak target telah diteliti dengan menggunakan media chromogenic, alpha-glucosidase yang berdasarkan PCR pengujian kadar logam dan VIT pengujian kadar logam. Identifikasi ini menunjukkan suatu korelasi sempurna dengan 16S rRNA data.

Dua media berbeda telah dikembangkan baru-baru ini yaitu DFI (Druggan Forsythe Iversen) atau chromogenic Enterobacter sakazakii Agar dan Enterobacter sakazakii pengasingan Agar (ESIA) sebagai studi perbandingan. Media DFI dan ESIA mengevaluasi metode molekuler alpha-glucosidase PCR dan 16S RNA di tempat asal hybridisasi tes (VIT). DFI agar plat berkembang pada suhu 37⁰ C dan ESIA pada suhu 44⁰ C selama 24 jam. Media DFI dan ESIA ini memerlukan identifikasi lebih lanjut.    Metode FDA pendeteksi meliputi dua langkah perkembangbiakan, yaitu subkultur kaldu pengayaan dan agar selektif (VRBG), selanjutnya memperbanyak dengan memilih pertumbuhan koloni pada TSA dan identifikasi biokimia berikutnya dari koloni yang berzat warna kuning dengan API20E. Pemeran lebih lanjut  dengan API32E identifikasi, analisis phylogenetic parsial 16S rRNA tidak ada tegangan yang menunjukkan tidak adanya jenis E. sakazakii.

Kesimpulan

Bakteri Enterobacter sakazakii dapat diidentifikasi dengan koloni yang berpigmen kuning dan dari aktivitas enzim glucosidase. Hingga kini, hanya satu PCR sistem yang berdasarkan pada tersedianya rantai tunggal 16S rRNA gen urutan telah diterbitkan untuk mengidentifikasi E. sakazakii. Dengan analisa yang baru sepanjang 16S rRNA gen urutan data yang diperoleh, dapat menunjukkan kehadiran suatu garis keturunan di dalam jenis E. sakazakii. 16S rRNA gen yang mengarahkan PCR sistem untuk mengidentifikasi E. sakazakii. Kemampuan pengujian kadar logam dapat mengidentifikasi E. sakazakii. Baru ini telah berkembang alfa-glucosidase mendasarkan PCR menguji yang baik untuk komersial, VIT Enterobacter sakazakii identifikasi memperlihatkan korelasi istimewa dengan 16S rRNA data dan cocok untuk identifikasi E. sakazakii.

Nama : Dini Rochmawati

NIM    : B1J006141

Email :  dhienny_cute@yahoo.com

Blog   : http://dh13nny.wordpress.com/

Pustaka :

Lehner,A., Nitzsche, S., Breeuwer, P., Diep, B., Thelen, k., and Stephan, R. (2006) Comparison of two chromogenic media and evaluation of two molecular based identification systems for Enterobacter sakazakii detection, BMC Microbiology, 6:15doi:10.1186/1471-2180-6-15.

Welcome to WordPress.com. This is your first post. Edit or delete it and start blogging!